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サーバにファイルを転送する場合は、FTPではなくSFTPやSCPで接続すべきです。FTPでサーバに接続すると、ユーザ名やパスワードが平文で流れるので危険です。ですので、SFTPに対応しているかどうかも、レンタルサーバを選択する際の基準の一つになると思います。

以下簡単に。

オレはCORESERVERをレンタルしていますので、そこでSSH通信を行うためには、管理画面の「ホスト情報登録」から「SSH登録」をします。

WindowsではSFTP対応のFileZillaなどを使います。FileZillaでは「サイトマネージャ」の「一般設定」で「サーバの種類」に「SFTP – SSH File Transfer Protocol」を選択します。接続しようとすると「不明なホスト鍵」ダイアログが表示されますので、「了解」で接続します。

パスワード認証より公開鍵認証の方がより安全ですが、ここでは割愛します。